La Junta Directiva está integrada por cuatro representantes de los comerciantes con sus respectivos suplentes (dos terceras partes) y dos representantes del Gobierno Nacional (una tercera parte). Sus funciones son aprobar y trazar las políticas, planes y programas que orientarán el trabajo y actividades de la Cámara, determinar la planta de personal de la Cámara y aprobar la política salarial y remuneración de los empleados y contratistas de la misma, elegir y remover libremente al Presidente Ejecutivo de la Cámara, estudiar las solicitudes de afiliación, aprobar y reformar los estatutos, aprobar el programa anual de trabajo, el presupuesto de ingresos y egresos y el programa de adquisición de propiedad, planta y equipo, así como los balances financieros, entre otros.
Los integrantes de la Junta Directiva en representación de los comerciantes son personas naturales o representantes legales de personas jurídicas con matrícula vigente a la fecha de la elección en el registro mercantil de la Cámara de Comercio, además están domiciliados dentro de la circunscripción territorial de la Cámara.
Los miembros de las Juntas Directivas de las Cámaras de Comercio designados por el Gobierno Nacional son sus voceros y deberán obrar consultando la política gubernamental y el interés de las Cámaras ante las cuales actúan. Para ser designado por el Gobierno Nacional miembro de la Junta Directiva de una Cámara de Comercio, no se requiere el requisito de la matrícula mercantil o de afiliación.
La Junta Directiva de la Cámara se reúne ordinariamente por lo menos una vez al mes convocada como se prevé en sus estatutos, en el día, hora y lugar que aparezca en la citación. Se reúne extraordinariamente por convocatoria de su Presidente, del Presidente o Director Ejecutivo, o de no menos de la tercera parte de sus miembros, de conformidad con lo previsto en los respectivos estatutos, o de la Superintendencia de Industria y Comercio.
Los miembros suplentes de la Junta Directiva asistirán a las mismas en ausencia temporal o absoluta de los principales. La Junta Directiva de la Cámara podrá deliberar y adoptar todas sus decisiones con el voto favorable de la mayoría de sus miembros. El Presidente o Director Ejecutivo concurrirá a las reuniones de la Junta Directiva y en sus deliberaciones tendrá voz pero no voto.
La Junta Directiva de la Cámara de Comercio de San José está integrada así:
| NOMBRE | SUPLENTE | CARGO | REPRESENTACIÓN |
|---|---|---|---|
| Constanza Patricia García Cubillos | Yakelin Tocua Aponte | Presidente Junta Directiva | Comercio |
| Yeimy Cañón Castillo | Marcos Mario Molina | Vicepresidente Junta Directiva | Gobierno Nacional |
| Erica Alejandra Londoño Restrepo | Simón Molina Morales | Miembro Junta Directiva | Comercio |
| Jorge Alberto Gordillo Vacca | Sandra Leon Mantilla | Miembro Junta Directiva | Comercio |
| Clodomiro Antonio Bayona Cifuentes | Juan Antonio Contreras Medina | Miembro Junta Directiva | Comercio |
| Fabian Arenas Diaz | Miembro Junta Directiva | Gobierno Nacional |